Crédit d’impôt recherche pour l’instrumentation scientifique : CIR, CII et rattrapage sur 3 ans
Quels travaux sont éligibles, combien ils rapportent et comment récupérer le crédit des trois dernières années : le CIR et le CII appliqués à la réalité du secteur, chiffres à l’appui.
Estimer mon CIR Étude gratuite
Mis à jour le 16 octobre 2026Lecture 6 minExemple chiffré 2026
Les fabricants d’instruments scientifiques conçoivent des appareils de mesure et d’analyse qui doivent dépasser les performances des générations précédentes : sensibilité, résolution, rapidité. Leur activité repose sur une recherche appliquée continue, menée par des équipes pluridisciplinaires.
- Taux du CIR
- 30 %
- CIR / an (exemple)
- 127 828 €
- CII / an (exemple)
- 21 232 €
- Rattrapage 3 ans
- 447 179 €
Le CIR pour l’instrumentation scientifique : un levier sous-utilisé
Dans le secteur, une part importante des entreprises qui pourraient prétendre au CIR ne le déclarent pas, ou n’en déclarent qu’une partie. Les raisons sont toujours les mêmes : crainte du contrôle, méconnaissance des critères, manque de temps pour constituer le dossier. Elles se privent pourtant d’un crédit de 30 % sur leurs dépenses de recherche, remboursé immédiatement pour une PME.
Les équipes réunissent physiciens, électroniciens, mécaniciens et développeurs. Leurs salaires chargés, majorés du forfait de fonctionnement de 40 %, forment l’essentiel de la base du crédit.
Les travaux éligibles au CIR pour l’instrumentation scientifique
Les projets suivants présentent, dans le secteur, les caractéristiques de la recherche au sens fiscal :
- Développer des méthodes de mesure atteignant une sensibilité nouvelle.
- Concevoir des chaînes d’acquisition et de traitement du signal.
- Mettre au point des capteurs pour des grandeurs ou des milieux non mesurés jusqu’ici.
- Créer des logiciels d’analyse fondés sur des méthodes nouvelles.
La présence d’un verrou s’apprécie au regard de ce qui était publié ou disponible au début des travaux. Un état de l’art d’une dizaine de références bien analysées, publications, brevets ou documentations techniques, suffit généralement à l’établir pour une PME. Le guide travaux éligibles au CIR détaille les cinq critères appliqués par l’administration.
Ce qui n’est pas de la recherche
À l’inverse, certaines activités du secteur, pourtant techniques, ne relèvent pas de la recherche au sens fiscal :
- L’adaptation d’un instrument aux besoins d’un client.
- L’étalonnage et la maintenance.
- La conception d’un instrument plus performant avec des technologies maîtrisées, qui relève du CII.
Un même projet comporte souvent une phase de recherche et des phases qui n’en relèvent pas. Bien les découper, en datant le début et la fin de chacune et en n’y rattachant que les temps correspondants, est la meilleure protection en cas de contrôle.
Combien rapporte le CIR pour l’instrumentation scientifique ?
Le tableau ci-dessous applique les règles en vigueur en 2026 à une entreprise type du secteur. Les montants sont fictifs mais réalistes, et calculés avec le même moteur que le simulateur du site.
Un fabricant d’instruments de 50 salariés affecte cinq ingénieurs, payés 53 000 € brut en moyenne, à 60 % de leur temps à une nouvelle méthode de mesure, amortit 40 000 € d’équipements et finance 40 000 € de travaux universitaires. Le prototype du nouvel instrument est conçu au titre du CII.
| Étape du calcul | Montant |
|---|---|
| Dépenses de personnel : 5 personnes à 53 000 € brut, charges comprises, 60 % du temps | 225 780 € |
| Dotations aux amortissements du matériel de recherche | 40 000 € |
| Forfait de fonctionnement : 40 % du personnel et 75 % des amortissements | 120 312 € |
| Sous-traitance à des organismes agréés ou publics | 40 000 € |
| Subventions reçues pour ces travaux, déduites | 0 € |
| Base du crédit d’impôt recherche | 426 092 € |
| Crédit d’impôt recherche à 30 % | 127 828 € |
| Dépenses d’innovation (prototypes, CII) | 106 160 € |
| Crédit d’impôt innovation à 20 % | 21 232 € |
| Total des crédits d’impôt sur l’année | 149 060 € |
| Rattrapage possible sur les 3 dernières années, à dépenses comparables | 447 179 € |
L’entreprise obtient 127 828 € de crédit d’impôt recherche et 21 232 € de crédit d’impôt innovation, soit 149 060 € par an. Pour une PME, ce montant est remboursé immédiatement si l’entreprise n’a pas d’impôt à payer. L’effet de la taille de l’équipe est direct :
| Scénario | Effectif de recherche | CIR par an | Rattrapage sur 3 ans |
|---|---|---|---|
| Équipe deux fois plus petite | 3 personnes | 89 897 € | 269 690 € |
| Équipe de l’exemple | 5 personnes | 127 828 € | 383 483 € |
| Équipe deux fois plus grande | 10 personnes | 222 655 € | 667 966 € |
Faites le calcul avec votre propre équipe :
Récupérez le CIR des 3 dernières années
Si votre entreprise a mené ce type de travaux sans déclarer de CIR, rien n’est perdu : les dépenses des années 2023, 2024 et 2025 peuvent encore être réclamées. Pour l’entreprise de l’exemple, cela représente environ 447 179 €, remboursés pour une PME.
| Dépenses de l’année | Déclaration normale | Réclamation jusqu’au | Crédit à dépenses comparables |
|---|---|---|---|
| 2023 | mai 2024 | 31 décembre 2026 | 149 060 € |
| 2024 | mai 2025 | 31 décembre 2027 | 149 060 € |
| 2025 | mai 2026 | 31 décembre 2028 | 149 060 € |
Chaque 31 décembre, une année sort du délai : les dépenses de 2023 ne pourront plus être réclamées après le 31 décembre 2026. Les années antérieures au 15 février 2025 bénéficient en outre d’un forfait de fonctionnement de 43 % et, pour le CII, d’un taux de 30 %, plus favorable que les règles actuelles. Voir CIR rétroactif.
Le crédit d’impôt innovation dans le secteur
Le crédit d’impôt innovation est particulièrement adapté pour l’instrumentation scientifique. Il finance, à 20 %, la conception de prototypes ou d’installations pilotes de produits nouveaux plus performants que ceux du marché, même lorsque les techniques employées sont connues. Il est réservé aux PME et plafonné à 400 000 € de dépenses par an.
Dans l’exemple de cette page, 106 160 € de dépenses de conception donnent 21 232 € de CII par an. Une même dépense ne peut pas figurer à la fois dans la base du CIR et dans celle du CII : les temps doivent être ventilés projet par projet. Voir le crédit d’impôt innovation et CIR ou CII.
Les pièges du CIR pour l’instrumentation scientifique
Trois erreurs reviennent dans les dossiers du secteur, et suffisent à fragiliser tout le crédit :
- Déclarer les développements spécifiques facturés aux clients.
- Inclure l’étalonnage.
- Ne pas séparer recherche et conception produit.
Les preuves à réunir
Un dossier justificatif solide repose sur des traces produites pendant les travaux. Dans le secteur, les plus probantes sont :
- Les campagnes de mesures et comparaisons ;
- Les prototypes et leurs versions ;
- Les publications et collaborations.
À ces pièces s’ajoutent, comme pour toute entreprise, les feuilles de temps par projet, les éléments de paie, le tableau des immobilisations affectées à la recherche, les contrats de sous-traitance avec la preuve de l’agrément des prestataires, et la liste des aides reçues. Le guide dossier justificatif donne le plan attendu.
Après le CIR : l’IP box sur vos revenus
Les brevets et logiciels d’analyse licenciés peuvent relever de l’IP box. Le CIR et l’IP box se cumulent : le premier porte sur les dépenses de recherche, le second sur les revenus de l’actif qui en est issu. Et l’IP box ne suppose pas d’avoir déclaré du CIR : une entreprise du secteur peut en bénéficier dès lors qu’elle exploite un actif éligible issu de ses propres travaux. Voir l’IP box pour l’instrumentation scientifique et cumuler CIR et IP box.
Se faire accompagner
La démarche se mène avec un professionnel habitué au secteur et à ses verrous typiques. Il interroge les équipes, délimite les projets, chiffre le crédit de l’année et celui des années encore réclamables, puis rédige un dossier qui tient en contrôle.
- Diagnostic : un échange avec vos équipes techniques pour repérer les projets éligibles des trois dernières années et de l’année en cours.
- Chiffrage : calcul du CIR et du CII, année par année, avec les règles applicables à chacune.
- Dossier : rédaction du dossier justificatif et reconstitution des temps.
- Déclaration : dépôt des formulaires 2069-A-SD et, pour les années passées, des réclamations.
Demander une étude gratuite Simuler mon CIR
Questions fréquentes
CIR ou CII pour un nouvel instrument ?
Les deux, souvent : la mise au point de la méthode de mesure relève du CIR, la conception du prototype d’instrument du CII pour une PME.
Un instrument développé pour un client est-il éligible ?
Cela dépend du contrat : si le client finance et détient les résultats, l’entreprise ne peut en principe pas les déclarer.
Combien rapporte le CIR pour l’instrumentation scientifique ?
Dans l’exemple de cette page, 127 828 € par an de CIR et 21 232 € de CII, pour 5 personnes consacrant 60 % de leur temps aux travaux. Le crédit représente environ 42 % du coût salarial chargé consacré à la recherche.
Peut-on récupérer le CIR des années passées ?
Oui. Les dépenses non déclarées des années 2023, 2024 et 2025 peuvent encore être réclamées ; celles de 2023 jusqu’au 31 décembre 2026. Sur l’exemple de cette page, l’enjeu est d’environ 447 179 €.
Faut-il des docteurs pour avoir droit au CIR ?
Non. Les ingénieurs et techniciens qui conduisent des travaux de recherche ouvrent droit au crédit, quel que soit leur diplôme.