Crédit d’impôt recherche pour les fabricants de dispositifs médicaux : CIR, CII et rattrapage sur 3 ans
Quels travaux sont éligibles, combien ils rapportent et comment récupérer le crédit des trois dernières années : le CIR et le CII appliqués à la réalité du secteur, chiffres à l’appui.
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Mis à jour le 16 octobre 2026Lecture 7 minExemple chiffré 2026
Concevoir un dispositif médical, c’est enchaîner recherche, conception et validation sur plusieurs années, sous de fortes contraintes de biocompatibilité, de fiabilité et de sécurité. Les medtech françaises, souvent issues de la recherche publique, réunissent presque toujours des travaux éligibles au CIR et des phases de conception éligibles au CII.
- Taux du CIR
- 30 %
- CIR / an (exemple)
- 164 977 €
- CII / an (exemple)
- 28 040 €
- Rattrapage 3 ans
- 579 051 €
Le CIR pour les fabricants de dispositifs médicaux : un levier sous-utilisé
Pour une entreprise du secteur, la question n’est pas de savoir si elle « fait de la recherche » au sens académique, mais si certains de ses projets ont dû affronter un problème technique sans solution connue. Dès que c’est le cas, la phase correspondante ouvre droit au crédit d’impôt recherche, quel que soit le diplôme des personnes qui l’ont menée.
Une medtech emploie des ingénieurs biomédicaux, mécaniciens et électroniciens, et travaille souvent avec des laboratoires publics et des centres hospitaliers. C’est sur ces personnes, et sur la part de leur temps consacrée aux travaux incertains, que repose l’essentiel du crédit.
Les travaux éligibles au CIR pour les fabricants de dispositifs médicaux
Les projets suivants présentent, dans le secteur, les caractéristiques de la recherche au sens fiscal :
- Mettre au point un matériau ou un revêtement biocompatible pour un usage nouveau.
- Concevoir un mécanisme ou un capteur miniaturisé répondant à des contraintes que les solutions existantes ne satisfont pas.
- Développer des méthodes de mesure ou d’imagerie nouvelles.
- Conduire des essais précliniques destinés à lever une incertitude sur le comportement du dispositif.
La présence d’un verrou s’apprécie au regard de ce qui était publié ou disponible au début des travaux. Un état de l’art d’une dizaine de références bien analysées, publications, brevets ou documentations techniques, suffit généralement à l’établir pour une PME. Le guide travaux éligibles au CIR détaille les cinq critères appliqués par l’administration.
Ce qui n’est pas de la recherche
À l’inverse, certaines activités du secteur, pourtant techniques, ne relèvent pas de la recherche au sens fiscal :
- La conception du prototype à partir de solutions maîtrisées, qui relève du CII.
- Les démarches de marquage CE et la constitution du dossier réglementaire.
- L’industrialisation et la validation des procédés de production.
Un même projet comporte souvent une phase de recherche et des phases qui n’en relèvent pas. Bien les découper, en datant le début et la fin de chacune et en n’y rattachant que les temps correspondants, est la meilleure protection en cas de contrôle.
Combien rapporte le CIR pour les fabricants de dispositifs médicaux ?
Pour fixer les ordres de grandeur, voici le calcul complet pour une entreprise représentative du secteur, avec les taux et forfaits de 2026.
Une medtech de 35 salariés affecte six ingénieurs, payés 54 000 € brut en moyenne, à 65 % de leur temps à un nouveau dispositif implantable. Elle amortit 35 000 € d’équipements, confie 60 000 € d’essais à un laboratoire public et 40 000 € à un prestataire agréé, et a reçu 30 000 € d’aide. Deux ingénieurs conçoivent le prototype, avec dépôt de brevet, au titre du CII.
| Étape du calcul | Montant |
|---|---|
| Dépenses de personnel : 6 personnes à 54 000 € brut, charges comprises, 65 % du temps | 299 052 € |
| Dotations aux amortissements du matériel de recherche | 35 000 € |
| Forfait de fonctionnement : 40 % du personnel et 75 % des amortissements | 145 871 € |
| Sous-traitance à des organismes agréés ou publics | 100 000 € |
| Subventions reçues pour ces travaux, déduites | − 30 000 € |
| Base du crédit d’impôt recherche | 549 923 € |
| Crédit d’impôt recherche à 30 % | 164 977 € |
| Dépenses d’innovation (prototypes, CII) | 140 200 € |
| Crédit d’impôt innovation à 20 % | 28 040 € |
| Total des crédits d’impôt sur l’année | 193 017 € |
| Rattrapage possible sur les 3 dernières années, à dépenses comparables | 579 051 € |
L’entreprise obtient 164 977 € de crédit d’impôt recherche et 28 040 € de crédit d’impôt innovation, soit 193 017 € par an. Pour une PME, ce montant est remboursé immédiatement si l’entreprise n’a pas d’impôt à payer. L’effet de la taille de l’équipe est direct :
| Scénario | Effectif de recherche | CIR par an | Rattrapage sur 3 ans |
|---|---|---|---|
| Équipe deux fois plus petite | 3 personnes | 102 176 € | 306 528 € |
| Équipe de l’exemple | 6 personnes | 164 977 € | 494 931 € |
| Équipe deux fois plus grande | 12 personnes | 290 579 € | 871 736 € |
Faites le calcul avec votre propre équipe :
Récupérez le CIR des 3 dernières années
Beaucoup d’entreprises du secteur découvrent le CIR après plusieurs années de travaux. Les trois dernières années restent récupérables par réclamation : dans l’exemple de cette page, l’enjeu approche 579 051 €.
| Dépenses de l’année | Déclaration normale | Réclamation jusqu’au | Crédit à dépenses comparables |
|---|---|---|---|
| 2023 | mai 2024 | 31 décembre 2026 | 193 017 € |
| 2024 | mai 2025 | 31 décembre 2027 | 193 017 € |
| 2025 | mai 2026 | 31 décembre 2028 | 193 017 € |
Chaque 31 décembre, une année sort du délai : les dépenses de 2023 ne pourront plus être réclamées après le 31 décembre 2026. Les années antérieures au 15 février 2025 bénéficient en outre d’un forfait de fonctionnement de 43 % et, pour le CII, d’un taux de 30 %, plus favorable que les règles actuelles. Voir CIR rétroactif.
Le crédit d’impôt innovation dans le secteur
Entre la recherche et la production, il y a la conception. C’est cette étape que finance le crédit d’impôt innovation, à 20 % des dépenses de prototypes des PME, avec un plafond de 400 000 € de dépenses par an et les mêmes règles de remboursement que le CIR.
Dans l’exemple de cette page, 140 200 € de dépenses de conception donnent 28 040 € de CII par an. Une même dépense ne peut pas figurer à la fois dans la base du CIR et dans celle du CII : les temps doivent être ventilés projet par projet. Voir le crédit d’impôt innovation et CIR ou CII.
Les pièges du CIR pour les fabricants de dispositifs médicaux
Trois erreurs reviennent dans les dossiers du secteur, et suffisent à fragiliser tout le crédit :
- Déclarer au CIR les frais de brevets, sortis de sa base en 2025 mais toujours éligibles au CII.
- Inclure la constitution du dossier de marquage dans les travaux de recherche.
- Oublier de déduire les aides des programmes d’innovation en santé.
Les preuves à réunir
L’expert qui examine un dossier du secteur s’attend à trouver des éléments contemporains des travaux, en particulier :
- Les rapports d’essais et cahiers de laboratoire ;
- Les conventions de recherche avec les laboratoires et hôpitaux ;
- Les revues de conception et dossiers de gestion des risques.
À ces pièces s’ajoutent, comme pour toute entreprise, les feuilles de temps par projet, les éléments de paie, le tableau des immobilisations affectées à la recherche, les contrats de sous-traitance avec la preuve de l’agrément des prestataires, et la liste des aides reçues. Le guide dossier justificatif donne le plan attendu.
Après le CIR : l’IP box sur vos revenus
Les brevets issus de ces travaux, licenciés à des industriels ou cédés, peuvent relever de l’IP box, avec un ratio nexus souvent élevé. Le CIR et l’IP box se cumulent : le premier porte sur les dépenses de recherche, le second sur les revenus de l’actif qui en est issu. Une entreprise qui n’a jamais déclaré de CIR peut d’ailleurs être éligible à l’IP box : les deux régimes sont indépendants. Voir l’IP box pour les fabricants de dispositifs médicaux et cumuler CIR et IP box.
Se faire accompagner
La démarche se mène avec un professionnel habitué au secteur et à ses verrous typiques. Il interroge les équipes, délimite les projets, chiffre le crédit de l’année et celui des années encore réclamables, puis rédige un dossier qui tient en contrôle.
- Diagnostic : un échange avec vos équipes techniques pour repérer les projets éligibles des trois dernières années et de l’année en cours.
- Chiffrage : calcul du CIR et du CII, année par année, avec les règles applicables à chacune.
- Dossier : rédaction du dossier justificatif et reconstitution des temps.
- Déclaration : dépôt des formulaires 2069-A-SD et, pour les années passées, des réclamations.
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Questions fréquentes
Le marquage CE est-il éligible au CIR ?
Les démarches réglementaires ne le sont pas. Les essais qui visent à lever une incertitude technique ou scientifique sur le dispositif peuvent en revanche l’être.
Une medtech peut-elle cumuler CIR et CII ?
Oui, sur des phases distinctes du projet : la recherche relève du CIR, la conception du prototype du CII, sans double comptage des dépenses.
Combien rapporte le CIR pour les fabricants de dispositifs médicaux ?
Dans l’exemple de cette page, 164 977 € par an de CIR et 28 040 € de CII, pour 6 personnes consacrant 65 % de leur temps aux travaux. Le crédit représente environ 42 % du coût salarial chargé consacré à la recherche.
Peut-on récupérer le CIR des années passées ?
Oui. Les dépenses non déclarées des années 2023, 2024 et 2025 peuvent encore être réclamées ; celles de 2023 jusqu’au 31 décembre 2026. Sur l’exemple de cette page, l’enjeu est d’environ 579 051 €.
Faut-il des docteurs pour avoir droit au CIR ?
Non. Les ingénieurs et techniciens qui conduisent des travaux de recherche ouvrent droit au crédit, quel que soit leur diplôme.