Crédit d’impôt recherche pour les entreprises de l’e-santé : CIR, CII et rattrapage sur 3 ans
Quels travaux sont éligibles, combien ils rapportent et comment récupérer le crédit des trois dernières années : le CIR et le CII appliqués à la réalité du secteur, chiffres à l’appui.
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Mis à jour le 16 octobre 2026Lecture 7 minExemple chiffré 2026
Les entreprises de l’e-santé développent des logiciels qui touchent au soin : télésurveillance, aide au diagnostic, coordination des parcours. Elles font face à des exigences cliniques, réglementaires et de sécurité des données qui imposent une démarche rigoureuse, souvent proche de la recherche, et produisent une documentation abondante.
- Taux du CIR
- 30 %
- CIR / an (exemple)
- 86 039 €
- CII / an (exemple)
- 13 520 €
- Rattrapage 3 ans
- 298 678 €
Le CIR pour les entreprises de l’e-santé : un levier sous-utilisé
Pour une entreprise du secteur, la question n’est pas de savoir si elle « fait de la recherche » au sens académique, mais si certains de ses projets ont dû affronter un problème technique sans solution connue. Dès que c’est le cas, la phase correspondante ouvre droit au crédit d’impôt recherche, quel que soit le diplôme des personnes qui l’ont menée.
Les équipes associent ingénieurs logiciels, data scientists et professionnels de santé, parfois dans le cadre de partenariats hospitaliers. Leurs salaires chargés, majorés du forfait de fonctionnement de 40 %, forment l’essentiel de la base du crédit.
Les travaux éligibles au CIR pour les entreprises de l’e-santé
Les projets suivants présentent, dans le secteur, les caractéristiques de la recherche au sens fiscal :
- Développer des algorithmes d’aide au diagnostic validés sur des données cliniques.
- Concevoir des méthodes de télésurveillance détectant précocement une dégradation de l’état d’un patient.
- Mettre au point des techniques d’anonymisation ou de traitement fédéré des données de santé.
- Créer des capteurs ou dispositifs connectés associés à un traitement logiciel nouveau.
Ces exemples ont un point commun : un verrou technique, c’est-à-dire une difficulté que l’état de l’art ne permettait pas de résoudre au début des travaux. C’est ce verrou, documenté et daté, qui fonde le crédit, et c’est lui que l’expert du ministère de la Recherche examine en premier. Le guide travaux éligibles au CIR détaille les cinq critères appliqués par l’administration.
Ce qui n’est pas de la recherche
Le périmètre du crédit exclut en revanche plusieurs activités qui occupent une part importante du temps des équipes du secteur :
- Les démarches de certification et de marquage réglementaire.
- L’hébergement certifié des données de santé.
- L’intégration avec les logiciels hospitaliers selon des standards connus.
Un même projet comporte souvent une phase de recherche et des phases qui n’en relèvent pas. Bien les découper, en datant le début et la fin de chacune et en n’y rattachant que les temps correspondants, est la meilleure protection en cas de contrôle.
Combien rapporte le CIR pour les entreprises de l’e-santé ?
Pour fixer les ordres de grandeur, voici le calcul complet pour une entreprise représentative du secteur, avec les taux et forfaits de 2026.
Une entreprise d’e-santé de 25 salariés affecte quatre ingénieurs, payés 55 000 € brut en moyenne, à 55 % de leur temps à un algorithme de télésurveillance, mène une étude avec un CHU pour 40 000 € et a reçu 20 000 € de subvention. Un ingénieur conçoit le prototype d’un capteur associé, éligible au CII.
| Étape du calcul | Montant |
|---|---|
| Dépenses de personnel : 4 personnes à 55 000 € brut, charges comprises, 55 % du temps | 171 820 € |
| Dotations aux amortissements du matériel de recherche | 15 000 € |
| Forfait de fonctionnement : 40 % du personnel et 75 % des amortissements | 79 978 € |
| Sous-traitance à des organismes agréés ou publics | 40 000 € |
| Subventions reçues pour ces travaux, déduites | − 20 000 € |
| Base du crédit d’impôt recherche | 286 798 € |
| Crédit d’impôt recherche à 30 % | 86 039 € |
| Dépenses d’innovation (prototypes, CII) | 67 600 € |
| Crédit d’impôt innovation à 20 % | 13 520 € |
| Total des crédits d’impôt sur l’année | 99 559 € |
| Rattrapage possible sur les 3 dernières années, à dépenses comparables | 298 678 € |
L’entreprise obtient 86 039 € de crédit d’impôt recherche et 13 520 € de crédit d’impôt innovation, soit 99 559 € par an. Pour une PME, ce montant est remboursé immédiatement si l’entreprise n’a pas d’impôt à payer. L’effet de la taille de l’équipe est direct :
| Scénario | Effectif de recherche | CIR par an | Rattrapage sur 3 ans |
|---|---|---|---|
| Équipe deux fois plus petite | 2 personnes | 49 957 € | 149 872 € |
| Équipe de l’exemple | 4 personnes | 86 039 € | 258 118 € |
| Équipe deux fois plus grande | 8 personnes | 158 204 € | 474 611 € |
Faites le calcul avec votre propre équipe :
Récupérez le CIR des 3 dernières années
Beaucoup d’entreprises du secteur découvrent le CIR après plusieurs années de travaux. Les trois dernières années restent récupérables par réclamation : dans l’exemple de cette page, l’enjeu approche 298 678 €.
| Dépenses de l’année | Déclaration normale | Réclamation jusqu’au | Crédit à dépenses comparables |
|---|---|---|---|
| 2023 | mai 2024 | 31 décembre 2026 | 99 559 € |
| 2024 | mai 2025 | 31 décembre 2027 | 99 559 € |
| 2025 | mai 2026 | 31 décembre 2028 | 99 559 € |
Chaque 31 décembre, une année sort du délai : les dépenses de 2023 ne pourront plus être réclamées après le 31 décembre 2026. Les années antérieures au 15 février 2025 bénéficient en outre d’un forfait de fonctionnement de 43 % et, pour le CII, d’un taux de 30 %, plus favorable que les règles actuelles. Voir CIR rétroactif.
Le crédit d’impôt innovation dans le secteur
Le crédit d’impôt innovation est particulièrement adapté pour les entreprises de l’e-santé. Il finance, à 20 %, la conception de prototypes ou d’installations pilotes de produits nouveaux plus performants que ceux du marché, même lorsque les techniques employées sont connues. Il est réservé aux PME et plafonné à 400 000 € de dépenses par an.
Dans l’exemple de cette page, 67 600 € de dépenses de conception donnent 13 520 € de CII par an. Une même dépense ne peut pas figurer à la fois dans la base du CIR et dans celle du CII : les temps doivent être ventilés projet par projet. Voir le crédit d’impôt innovation et CIR ou CII.
Les pièges du CIR pour les entreprises de l’e-santé
Avant de déclarer, vérifiez que votre dossier évite ces écueils fréquents dans le secteur :
- Confondre la validation clinique d’un algorithme et les démarches réglementaires de certification.
- Oublier de déduire les aides des programmes publics d’innovation en santé.
- Négliger la propriété des résultats issus de partenariats hospitaliers.
Les preuves à réunir
Un dossier justificatif solide repose sur des traces produites pendant les travaux. Dans le secteur, les plus probantes sont :
- Les protocoles d’études et rapports de validation ;
- Les conventions avec les établissements de santé ;
- La documentation technique produite pour le marquage réglementaire.
À ces pièces s’ajoutent, comme pour toute entreprise, les feuilles de temps par projet, les éléments de paie, le tableau des immobilisations affectées à la recherche, les contrats de sous-traitance avec la preuve de l’agrément des prestataires, et la liste des aides reçues. Le guide dossier justificatif donne le plan attendu.
Après le CIR : l’IP box sur vos revenus
Les logiciels médicaux développés en interne, licenciés aux établissements ou aux fabricants, peuvent bénéficier de l’IP box. Le CIR et l’IP box se cumulent : le premier porte sur les dépenses de recherche, le second sur les revenus de l’actif qui en est issu. Les deux dispositifs sont indépendants : l’un ne conditionne pas l’autre, et ils peuvent être rattrapés ensemble sur trois ans. Voir l’IP box pour les entreprises de l’e-santé et cumuler CIR et IP box.
Se faire accompagner
Un spécialiste du CIR qui connaît le secteur conduit ce travail avec vos équipes techniques : identification des projets éligibles, qualification CIR ou CII, reconstitution des temps, calcul et rédaction du dossier. Le premier échange suffit en général à savoir si l’enjeu justifie la démarche.
- Diagnostic : un échange avec vos équipes techniques pour repérer les projets éligibles des trois dernières années et de l’année en cours.
- Chiffrage : calcul du CIR et du CII, année par année, avec les règles applicables à chacune.
- Dossier : rédaction du dossier justificatif et reconstitution des temps.
- Déclaration : dépôt des formulaires 2069-A-SD et, pour les années passées, des réclamations.
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Questions fréquentes
Les études cliniques sont-elles éligibles au CIR ?
Les travaux de validation scientifique d’un algorithme ou d’un dispositif nouveau peuvent l’être, notamment lorsqu’ils sont confiés à un établissement public de santé. Les démarches purement réglementaires ne le sont pas.
Une start-up d’e-santé peut-elle être remboursée du CIR ?
Oui. Les entreprises nouvelles, les JEI et les PME obtiennent le remboursement immédiat de leur crédit.
Combien rapporte le CIR pour les entreprises de l’e-santé ?
Dans l’exemple de cette page, 86 039 € par an de CIR et 13 520 € de CII, pour 4 personnes consacrant 55 % de leur temps aux travaux. Le crédit représente environ 42 % du coût salarial chargé consacré à la recherche.
Peut-on récupérer le CIR des années passées ?
Oui. Les dépenses non déclarées des années 2023, 2024 et 2025 peuvent encore être réclamées ; celles de 2023 jusqu’au 31 décembre 2026. Sur l’exemple de cette page, l’enjeu est d’environ 298 678 €.
Faut-il des docteurs pour avoir droit au CIR ?
Non. Les ingénieurs et techniciens qui conduisent des travaux de recherche ouvrent droit au crédit, quel que soit leur diplôme.