Crédit d’impôt recherche pour les biotechs : CIR, CII et rattrapage sur 3 ans

Les biotechnologies sont l’archétype du secteur de recherche : chaque programme part d’une hypothèse scientifique incertaine et peut échouer après des années de travaux. Pour une biotech déficitaire, le CIR remboursé chaque année est une composante essentielle du financement, au même titre que les levées de fonds.

Taux du CIR

30 %

CIR / an (exemple)

385 859 €

Rattrapage 3 ans

1 157 576 €

Le CIR pour les biotechs : un levier sous-utilisé

Pour une entreprise du secteur, la question n’est pas de savoir si elle « fait de la recherche » au sens académique, mais si certains de ses projets ont dû affronter un problème technique sans solution connue. Dès que c’est le cas, la phase correspondante ouvre droit au crédit d’impôt recherche, quel que soit le diplôme des personnes qui l’ont menée.

Une biotech emploie des chercheurs, souvent docteurs, des techniciens de laboratoire et des responsables de programmes, et sous-traite largement à des laboratoires et organismes de recherche. C’est sur ces personnes, et sur la part de leur temps consacrée aux travaux incertains, que repose l’essentiel du crédit.

Les travaux éligibles au CIR pour les biotechs

Les projets suivants présentent, dans le secteur, les caractéristiques de la recherche au sens fiscal :

• Identifier et valider de nouvelles cibles thérapeutiques.
• Concevoir et optimiser des molécules, anticorps ou vecteurs.
• Développer des méthodes de production ou de purification de produits biologiques.
• Conduire les études précliniques et les phases cliniques précoces destinées à établir l’efficacité.

Dans chaque cas, ce qui rend le projet éligible n’est pas sa difficulté ou son coût, mais le fait qu’au départ, un professionnel compétent du domaine ne savait pas comment atteindre le résultat avec les connaissances disponibles. Le dossier doit le démontrer par un état de l’art précis et daté. Le guide travaux éligibles au CIR détaille les cinq critères appliqués par l’administration.

Ce qui n’est pas de la recherche

Le périmètre du crédit exclut en revanche plusieurs activités qui occupent une part importante du temps des équipes du secteur :

• Les activités de production commerciale.
• Les démarches réglementaires administratives.
• La veille scientifique, sortie de la base du CIR depuis 2025.

Un même projet comporte souvent une phase de recherche et des phases qui n’en relèvent pas. Bien les découper, en datant le début et la fin de chacune et en n’y rattachant que les temps correspondants, est la meilleure protection en cas de contrôle.

Combien rapporte le CIR pour les biotechs ?

Le calcul ci-dessous part d’un cas réaliste pour le secteur. Il détaille chaque étape, du coût des équipes jusqu’au crédit final et au rattrapage possible.

Une biotech de 18 salariés affecte dix chercheurs et techniciens, payés 52 000 € brut en moyenne, à 85 % de leur temps à son programme principal. Elle amortit 90 000 € d’équipements de laboratoire, confie 150 000 € de travaux à des laboratoires publics et 200 000 € à des prestataires agréés, et a reçu 100 000 € d’aides.

L’entreprise obtient 385 859 € de crédit d’impôt recherche par an. Pour une PME, ce montant est remboursé immédiatement si l’entreprise n’a pas d’impôt à payer. L’effet de la taille de l’équipe est direct :

Faites le calcul avec votre propre équipe :

Récupérez le CIR des 3 dernières années

Le crédit d’impôt recherche se rattrape. Une entreprise qui n’a jamais déclaré ses travaux peut encore demander le crédit des années 2023, 2024 et 2025, soit environ 1 157 576 € à dépenses comparables à celles de l’exemple.

Chaque 31 décembre, une année sort du délai : les dépenses de 2023 ne pourront plus être réclamées après le 31 décembre 2026. Les années antérieures au 15 février 2025 bénéficient en outre d’un forfait de fonctionnement de 43 %, plus favorable que les règles actuelles. Voir CIR rétroactif.

Le crédit d’impôt innovation dans le secteur

Le crédit d’impôt innovation, réservé aux PME, finance la conception de prototypes de produits nouveaux. Il est moins central dans ce secteur, où l’essentiel des travaux relève de la recherche proprement dite, mais il peut s’appliquer à certains développements d’outils ou de produits dérivés.

Voir le crédit d’impôt innovation et la frontière entre CIR et CII.

Les pièges du CIR pour les biotechs

Avant de déclarer, vérifiez que votre dossier évite ces écueils fréquents dans le secteur :

• Retenir des prestataires de recherche sous contrat dont l’agrément n’est pas vérifié.
• Oublier de déduire les aides et avances remboursables des programmes publics.
• Déclarer les frais de brevets au CIR, alors qu’ils en sont sortis en 2025.

Les preuves à réunir

Les preuves qui font la différence en cas de contrôle sont celles que les équipes produisent naturellement pendant les projets :

• Les cahiers de laboratoire et rapports d’études ;
• Les contrats de sous-traitance et preuves d’agrément ;
• Les publications et communications scientifiques.

À ces pièces s’ajoutent, comme pour toute entreprise, les feuilles de temps par projet, les éléments de paie, le tableau des immobilisations affectées à la recherche, les contrats de sous-traitance avec la preuve de l’agrément des prestataires, et la liste des aides reçues. Le guide dossier justificatif donne le plan attendu.

Après le CIR : l’IP box sur vos revenus

Les accords de licence conclus avec des laboratoires pharmaceutiques, paiements d’étape et redevances, peuvent relever de l’IP box une fois le résultat net de l’actif positif. Le CIR et l’IP box se cumulent : le premier porte sur les dépenses de recherche, le second sur les revenus de l’actif qui en est issu. Une entreprise qui n’a jamais déclaré de CIR peut d’ailleurs être éligible à l’IP box : les deux régimes sont indépendants. Voir l’IP box pour les biotechs et cumuler CIR et IP box.

Se faire accompagner

La démarche se mène avec un professionnel habitué au secteur et à ses verrous typiques. Il interroge les équipes, délimite les projets, chiffre le crédit de l’année et celui des années encore réclamables, puis rédige un dossier qui tient en contrôle.

1. Diagnostic : un échange avec vos équipes techniques pour repérer les projets éligibles des trois dernières années et de l’année en cours.
2. Chiffrage : calcul du CIR et du CII, année par année, avec les règles applicables à chacune.
3. Dossier : rédaction du dossier justificatif et reconstitution des temps.
4. Déclaration : dépôt des formulaires 2069-A-SD et, pour les années passées, des réclamations.

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Questions fréquentes

Une biotech sans chiffre d’affaires peut-elle toucher le CIR ?

Oui. En tant que PME, entreprise nouvelle ou JEI, elle obtient le remboursement immédiat de son crédit, ce qui en fait une ressource de financement annuelle.

Les essais cliniques sont-ils éligibles ?

Les essais destinés à établir l’efficacité et la sécurité d’un produit nouveau relèvent en principe de la recherche, notamment lorsqu’ils sont confiés à des organismes publics ou agréés.

Combien rapporte le CIR pour les biotechs ?

Dans l’exemple de cette page, 385 859 € par an de CIR, pour 10 personnes consacrant 85 % de leur temps aux travaux. Le crédit représente environ 42 % du coût salarial chargé consacré à la recherche.

Peut-on récupérer le CIR des années passées ?

Oui. Les dépenses non déclarées des années 2023, 2024 et 2025 peuvent encore être réclamées ; celles de 2023 jusqu’au 31 décembre 2026. Sur l’exemple de cette page, l’enjeu est d’environ 1 157 576 €.

Faut-il des docteurs pour avoir droit au CIR ?

Non. Les ingénieurs et techniciens qui conduisent des travaux de recherche ouvrent droit au crédit, quel que soit leur diplôme.