Crédit d’impôt recherche pour les laboratoires pharmaceutiques : CIR, CII et rattrapage sur 3 ans
Quels travaux sont éligibles, combien ils rapportent et comment récupérer le crédit des trois dernières années : le CIR et le CII appliqués à la réalité du secteur, chiffres à l’appui.
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Mis à jour le 16 octobre 2026Lecture 6 minExemple chiffré 2026
Les laboratoires pharmaceutiques conduisent des programmes de recherche longs et coûteux, de la découverte au développement clinique. Ils figurent parmi les premiers bénéficiaires du CIR en montant. Pour les laboratoires de taille intermédiaire, l’enjeu est autant d’optimiser la base que de sécuriser un dossier volumineux face à des contrôles réguliers.
- Taux du CIR
- 30 %
- CIR / an (exemple)
- 733 844 €
- Rattrapage 3 ans
- 2 201 533 €
Le CIR pour les laboratoires pharmaceutiques : un levier sous-utilisé
Pour une entreprise du secteur, la question n’est pas de savoir si elle « fait de la recherche » au sens académique, mais si certains de ses projets ont dû affronter un problème technique sans solution connue. Dès que c’est le cas, la phase correspondante ouvre droit au crédit d’impôt recherche, quel que soit le diplôme des personnes qui l’ont menée.
Les laboratoires mobilisent chercheurs, pharmaciens, cliniciens et techniciens, et confient une large part des études à des organismes de recherche sous contrat. C’est sur ces personnes, et sur la part de leur temps consacrée aux travaux incertains, que repose l’essentiel du crédit.
Les travaux éligibles au CIR pour les laboratoires pharmaceutiques
Parmi les travaux qu’un spécialiste examine en priorité dans le secteur, on trouve :
- Découvrir et optimiser de nouveaux principes actifs.
- Développer de nouvelles formes galéniques améliorant la biodisponibilité ou la tolérance.
- Mettre au point des procédés de synthèse ou de production nouveaux.
- Conduire les études cliniques des produits en développement.
La présence d’un verrou s’apprécie au regard de ce qui était publié ou disponible au début des travaux. Un état de l’art d’une dizaine de références bien analysées, publications, brevets ou documentations techniques, suffit généralement à l’établir pour une PME. Le guide travaux éligibles au CIR détaille les cinq critères appliqués par l’administration.
Ce qui n’est pas de la recherche
Ne pas confondre l’effort de développement et la recherche évite l’essentiel des redressements. Les travaux suivants, fréquents dans le secteur, n’ouvrent pas droit au CIR, même s’ils mobilisent des ingénieurs :
- Les études post-commercialisation de routine.
- Les contrôles de qualité de production.
- Les démarches réglementaires administratives.
Un même projet comporte souvent une phase de recherche et des phases qui n’en relèvent pas. Bien les découper, en datant le début et la fin de chacune et en n’y rattachant que les temps correspondants, est la meilleure protection en cas de contrôle.
Combien rapporte le CIR pour les laboratoires pharmaceutiques ?
Le tableau ci-dessous applique les règles en vigueur en 2026 à une entreprise type du secteur. Les montants sont fictifs mais réalistes, et calculés avec le même moteur que le simulateur du site.
Un laboratoire de taille intermédiaire affecte quinze chercheurs, payés 58 000 € brut en moyenne, à 80 % de leur temps au développement de nouvelles formulations. Il amortit 150 000 € d’équipements et confie 200 000 € de travaux à des organismes publics et 600 000 € à des prestataires agréés.
| Étape du calcul | Montant |
|---|---|
| Dépenses de personnel : 15 personnes à 58 000 € brut, charges comprises, 80 % du temps | 988 320 € |
| Dotations aux amortissements du matériel de recherche | 150 000 € |
| Forfait de fonctionnement : 40 % du personnel et 75 % des amortissements | 507 828 € |
| Sous-traitance à des organismes agréés ou publics | 800 000 € |
| Subventions reçues pour ces travaux, déduites | 0 € |
| Base du crédit d’impôt recherche | 2 446 148 € |
| Crédit d’impôt recherche à 30 % | 733 844 € |
| Rattrapage possible sur les 3 dernières années, à dépenses comparables | 2 201 533 € |
L’entreprise obtient 733 844 € de crédit d’impôt recherche par an. Pour une PME, ce montant est remboursé immédiatement si l’entreprise n’a pas d’impôt à payer. L’effet de la taille de l’équipe est direct :
| Scénario | Effectif de recherche | CIR par an | Rattrapage sur 3 ans |
|---|---|---|---|
| Équipe deux fois plus petite | 8 personnes | 540 134 € | 1 620 401 € |
| Équipe de l’exemple | 15 personnes | 733 844 € | 2 201 533 € |
| Équipe deux fois plus grande | 30 personnes | 1 148 939 € | 3 446 816 € |
Faites le calcul avec votre propre équipe :
Récupérez le CIR des 3 dernières années
Le crédit d’impôt recherche se rattrape. Une entreprise qui n’a jamais déclaré ses travaux peut encore demander le crédit des années 2023, 2024 et 2025, soit environ 2 201 533 € à dépenses comparables à celles de l’exemple.
| Dépenses de l’année | Déclaration normale | Réclamation jusqu’au | Crédit à dépenses comparables |
|---|---|---|---|
| 2023 | mai 2024 | 31 décembre 2026 | 733 844 € |
| 2024 | mai 2025 | 31 décembre 2027 | 733 844 € |
| 2025 | mai 2026 | 31 décembre 2028 | 733 844 € |
Chaque 31 décembre, une année sort du délai : les dépenses de 2023 ne pourront plus être réclamées après le 31 décembre 2026. Les années antérieures au 15 février 2025 bénéficient en outre d’un forfait de fonctionnement de 43 %, plus favorable que les règles actuelles. Voir CIR rétroactif.
Le crédit d’impôt innovation dans le secteur
Dans ce secteur, l’essentiel des dépenses relève directement du CIR. Le crédit d’impôt innovation peut néanmoins compléter le dispositif pour une PME qui conçoit un produit ou un équipement nouveau à partir de technologies maîtrisées.
Voir le crédit d’impôt innovation et la frontière entre CIR et CII.
Les pièges du CIR pour les laboratoires pharmaceutiques
Les redressements observés dans le secteur se concentrent sur quelques erreurs récurrentes :
- Des liens de dépendance avec les prestataires du groupe, qui abaissent le plafond de sous-traitance à 2 M€.
- L’inclusion d’études de pharmacovigilance de routine.
- Des dossiers trop génériques pour des programmes très nombreux.
Les preuves à réunir
L’expert qui examine un dossier du secteur s’attend à trouver des éléments contemporains des travaux, en particulier :
- Les protocoles et rapports d’études ;
- Les décisions de passage entre les phases de développement ;
- Les contrats de recherche et preuves d’agrément.
À ces pièces s’ajoutent, comme pour toute entreprise, les feuilles de temps par projet, les éléments de paie, le tableau des immobilisations affectées à la recherche, les contrats de sous-traitance avec la preuve de l’agrément des prestataires, et la liste des aides reçues. Le guide dossier justificatif donne le plan attendu.
Après le CIR : l’IP box sur vos revenus
Les brevets et certificats complémentaires de protection licenciés à des partenaires peuvent relever de l’IP box. Le CIR et l’IP box se cumulent : le premier porte sur les dépenses de recherche, le second sur les revenus de l’actif qui en est issu. Les deux dispositifs sont indépendants : l’un ne conditionne pas l’autre, et ils peuvent être rattrapés ensemble sur trois ans. Voir l’IP box pour les laboratoires pharmaceutiques et cumuler CIR et IP box.
Se faire accompagner
L’accompagnement d’un spécialiste sécurise surtout la qualification des travaux, qui est l’étape décisive. Il permet aussi de mener ensemble le CIR, le CII et, lorsque l’entreprise exploite un brevet ou un logiciel, l’IP box.
- Diagnostic : un échange avec vos équipes techniques pour repérer les projets éligibles des trois dernières années et de l’année en cours.
- Chiffrage : calcul du CIR et du CII, année par année, avec les règles applicables à chacune.
- Dossier : rédaction du dossier justificatif et reconstitution des temps.
- Déclaration : dépôt des formulaires 2069-A-SD et, pour les années passées, des réclamations.
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Questions fréquentes
Les études cliniques sous-traitées sont-elles éligibles ?
Oui, si elles sont confiées à des organismes publics ou à des prestataires agréés, et dans la limite des plafonds de sous-traitance.
Un laboratoire filiale d’un groupe peut-il bénéficier du CIR ?
Oui, pour ses propres dépenses de recherche. La sous-traitance à d’autres sociétés du groupe est plafonnée plus bas en raison des liens de dépendance.
Combien rapporte le CIR pour les laboratoires pharmaceutiques ?
Dans l’exemple de cette page, 733 844 € par an de CIR, pour 15 personnes consacrant 80 % de leur temps aux travaux. Le crédit représente environ 42 % du coût salarial chargé consacré à la recherche.
Peut-on récupérer le CIR des années passées ?
Oui. Les dépenses non déclarées des années 2023, 2024 et 2025 peuvent encore être réclamées ; celles de 2023 jusqu’au 31 décembre 2026. Sur l’exemple de cette page, l’enjeu est d’environ 2 201 533 €.
Faut-il des docteurs pour avoir droit au CIR ?
Non. Les ingénieurs et techniciens qui conduisent des travaux de recherche ouvrent droit au crédit, quel que soit leur diplôme.