Crédit d’impôt recherche pour les entreprises agritech : CIR, CII et rattrapage sur 3 ans

Les entreprises agritech appliquent capteurs, robotique, imagerie et intelligence artificielle à l’agriculture. Elles doivent faire fonctionner leurs technologies en plein champ, sur des cultures et des sols très variables, ce qui génère des incertitudes techniques fortes et de nombreux travaux éligibles.

Taux du CIR

30 %

CIR / an (exemple)

105 585 €

CII / an (exemple)

11 038 €

Rattrapage 3 ans

349 870 €

Le CIR pour les entreprises agritech : un levier sous-utilisé

Pour une entreprise du secteur, la question n’est pas de savoir si elle « fait de la recherche » au sens académique, mais si certains de ses projets ont dû affronter un problème technique sans solution connue. Dès que c’est le cas, la phase correspondante ouvre droit au crédit d’impôt recherche, quel que soit le diplôme des personnes qui l’ont menée.

Les équipes associent agronomes, data scientists, roboticiens et développeurs, souvent en lien avec les instituts techniques. Chaque euro de salaire consacré à des travaux éligibles rapporte environ 42 centimes de crédit, forfait de fonctionnement compris.

Les travaux éligibles au CIR pour les entreprises agritech

Les projets suivants présentent, dans le secteur, les caractéristiques de la recherche au sens fiscal :

• Développer des modèles de détection de maladies ou d’adventices à partir d’images prises en conditions réelles.
• Concevoir des outils robotisés pour des tâches agricoles non automatisées.
• Mettre au point des capteurs de sol ou de plante fiables dans la durée.
• Créer des modèles d’aide à la décision combinant données agronomiques et météorologiques.

Ces exemples ont un point commun : un verrou technique, c’est-à-dire une difficulté que l’état de l’art ne permettait pas de résoudre au début des travaux. C’est ce verrou, documenté et daté, qui fonde le crédit, et c’est lui que l’expert du ministère de la Recherche examine en premier. Le guide travaux éligibles au CIR détaille les cinq critères appliqués par l’administration.

Ce qui n’est pas de la recherche

Ne pas confondre l’effort de développement et la recherche évite l’essentiel des redressements. Les travaux suivants, fréquents dans le secteur, n’ouvrent pas droit au CIR, même s’ils mobilisent des ingénieurs :

• Le développement d’applications de gestion d’exploitation avec des briques connues.
• Le déploiement chez les agriculteurs.
• Les essais commerciaux de démonstration.

Un même projet comporte souvent une phase de recherche et des phases qui n’en relèvent pas. Bien les découper, en datant le début et la fin de chacune et en n’y rattachant que les temps correspondants, est la meilleure protection en cas de contrôle.

Combien rapporte le CIR pour les entreprises agritech ?

Le calcul ci-dessous part d’un cas réaliste pour le secteur. Il détaille chaque étape, du coût des équipes jusqu’au crédit final et au rattrapage possible.

Une agritech de 25 salariés affecte cinq ingénieurs, payés 50 000 € brut en moyenne, à 60 % de leur temps à un système de détection par imagerie, finance 40 000 € d’essais avec un institut public et a reçu 30 000 € d’aide. Un prototype d’outil est conçu au titre du CII.

L’entreprise obtient 105 585 € de crédit d’impôt recherche et 11 038 € de crédit d’impôt innovation, soit 116 623 € par an. Pour une PME, ce montant est remboursé immédiatement si l’entreprise n’a pas d’impôt à payer. L’effet de la taille de l’équipe est direct :

Faites le calcul avec votre propre équipe :

Récupérez le CIR des 3 dernières années

Beaucoup d’entreprises du secteur découvrent le CIR après plusieurs années de travaux. Les trois dernières années restent récupérables par réclamation : dans l’exemple de cette page, l’enjeu approche 349 870 €.

Chaque 31 décembre, une année sort du délai : les dépenses de 2023 ne pourront plus être réclamées après le 31 décembre 2026. Les années antérieures au 15 février 2025 bénéficient en outre d’un forfait de fonctionnement de 43 % et, pour le CII, d’un taux de 30 %, plus favorable que les règles actuelles. Voir CIR rétroactif.

Le crédit d’impôt innovation dans le secteur

Le crédit d’impôt innovation est particulièrement adapté pour les entreprises agritech. Il finance, à 20 %, la conception de prototypes ou d’installations pilotes de produits nouveaux plus performants que ceux du marché, même lorsque les techniques employées sont connues. Il est réservé aux PME et plafonné à 400 000 € de dépenses par an.

Dans l’exemple de cette page, 55 192 € de dépenses de conception donnent 11 038 € de CII par an. Une même dépense ne peut pas figurer à la fois dans la base du CIR et dans celle du CII : les temps doivent être ventilés projet par projet. Voir le crédit d’impôt innovation et CIR ou CII.

Les pièges du CIR pour les entreprises agritech

Avant de déclarer, vérifiez que votre dossier évite ces écueils fréquents dans le secteur :

• Ne pas préciser la propriété des résultats obtenus avec les instituts et coopératives.
• Inclure les campagnes commerciales de démonstration.
• Oublier les aides régionales et européennes.

Les preuves à réunir

L’expert qui examine un dossier du secteur s’attend à trouver des éléments contemporains des travaux, en particulier :

• Les protocoles d’essais au champ ;
• Les jeux de données et résultats de modèles ;
• Les conventions avec les instituts techniques.

À ces pièces s’ajoutent, comme pour toute entreprise, les feuilles de temps par projet, les éléments de paie, le tableau des immobilisations affectées à la recherche, les contrats de sous-traitance avec la preuve de l’agrément des prestataires, et la liste des aides reçues. Le guide dossier justificatif donne le plan attendu.

Après le CIR : l’IP box sur vos revenus

Les logiciels d’aide à la décision et les brevets de matériels, licenciés, peuvent relever de l’IP box. Le CIR et l’IP box se cumulent : le premier porte sur les dépenses de recherche, le second sur les revenus de l’actif qui en est issu. Une entreprise qui n’a jamais déclaré de CIR peut d’ailleurs être éligible à l’IP box : les deux régimes sont indépendants. Voir l’IP box pour les entreprises agritech et cumuler CIR et IP box.

Se faire accompagner

L’accompagnement d’un spécialiste sécurise surtout la qualification des travaux, qui est l’étape décisive. Il permet aussi de mener ensemble le CIR, le CII et, lorsque l’entreprise exploite un brevet ou un logiciel, l’IP box.

1. Diagnostic : un échange avec vos équipes techniques pour repérer les projets éligibles des trois dernières années et de l’année en cours.
2. Chiffrage : calcul du CIR et du CII, année par année, avec les règles applicables à chacune.
3. Dossier : rédaction du dossier justificatif et reconstitution des temps.
4. Déclaration : dépôt des formulaires 2069-A-SD et, pour les années passées, des réclamations.

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Questions fréquentes

Les essais au champ sont-ils éligibles au CIR ?

Oui lorsqu’ils servent à lever une incertitude technique sur une technologie nouvelle. Les démonstrations commerciales ne le sont pas.

Une agritech peut-elle cumuler CIR et aides publiques ?

Oui. Les aides qui financent les mêmes travaux sont simplement déduites de la base du crédit.

Combien rapporte le CIR pour les entreprises agritech ?

Dans l’exemple de cette page, 105 585 € par an de CIR et 11 038 € de CII, pour 5 personnes consacrant 60 % de leur temps aux travaux. Le crédit représente environ 42 % du coût salarial chargé consacré à la recherche.

Peut-on récupérer le CIR des années passées ?

Oui. Les dépenses non déclarées des années 2023, 2024 et 2025 peuvent encore être réclamées ; celles de 2023 jusqu’au 31 décembre 2026. Sur l’exemple de cette page, l’enjeu est d’environ 349 870 €.

Faut-il des docteurs pour avoir droit au CIR ?

Non. Les ingénieurs et techniciens qui conduisent des travaux de recherche ouvrent droit au crédit, quel que soit leur diplôme.