Crédit d’impôt recherche pour les semenciers et obtenteurs : CIR, CII et rattrapage sur 3 ans

La sélection variétale est un travail de recherche de longue haleine : il faut souvent dix ans pour créer une variété nouvelle. Les semenciers et obtenteurs, coopératives ou entreprises familiales, conduisent des programmes de croisement, de génotypage et d’expérimentation qui relèvent largement du CIR.

Taux du CIR

30 %

CIR / an (exemple)

192 633 €

Rattrapage 3 ans

577 898 €

Le CIR pour les semenciers et obtenteurs : un levier sous-utilisé

Pour une entreprise du secteur, la question n’est pas de savoir si elle « fait de la recherche » au sens académique, mais si certains de ses projets ont dû affronter un problème technique sans solution connue. Dès que c’est le cas, la phase correspondante ouvre droit au crédit d’impôt recherche, quel que soit le diplôme des personnes qui l’ont menée.

Les programmes mobilisent sélectionneurs, généticiens, techniciens d’expérimentation et laboratoires de biologie moléculaire. C’est sur ces personnes, et sur la part de leur temps consacrée aux travaux incertains, que repose l’essentiel du crédit.

Les travaux éligibles au CIR pour les semenciers et obtenteurs

Parmi les travaux qu’un spécialiste examine en priorité dans le secteur, on trouve :

• Créer de nouvelles variétés résistantes à des maladies ou à la sécheresse.
• Développer des outils de sélection assistée par marqueurs.
• Mettre au point des méthodes de phénotypage à haut débit.
• Étudier le comportement de variétés nouvelles dans des conditions de culture variées.

Dans chaque cas, ce qui rend le projet éligible n’est pas sa difficulté ou son coût, mais le fait qu’au départ, un professionnel compétent du domaine ne savait pas comment atteindre le résultat avec les connaissances disponibles. Le dossier doit le démontrer par un état de l’art précis et daté. Le guide travaux éligibles au CIR détaille les cinq critères appliqués par l’administration.

Ce qui n’est pas de la recherche

Le périmètre du crédit exclut en revanche plusieurs activités qui occupent une part importante du temps des équipes du secteur :

• La multiplication et la production de semences commerciales.
• Les essais réglementaires d’inscription au catalogue.
• La commercialisation.

Un même projet comporte souvent une phase de recherche et des phases qui n’en relèvent pas. Bien les découper, en datant le début et la fin de chacune et en n’y rattachant que les temps correspondants, est la meilleure protection en cas de contrôle.

Combien rapporte le CIR pour les semenciers et obtenteurs ?

Le tableau ci-dessous applique les règles en vigueur en 2026 à une entreprise type du secteur. Les montants sont fictifs mais réalistes, et calculés avec le même moteur que le simulateur du site.

Un obtenteur de 60 salariés affecte sept sélectionneurs et techniciens, payés 46 000 € brut en moyenne, à 80 % de leur temps à ses programmes de sélection, amortit 40 000 € d’équipements et finance 60 000 € de travaux avec un institut public.

L’entreprise obtient 192 633 € de crédit d’impôt recherche par an. Pour une PME, ce montant est remboursé immédiatement si l’entreprise n’a pas d’impôt à payer. L’effet de la taille de l’équipe est direct :

Faites le calcul avec votre propre équipe :

Récupérez le CIR des 3 dernières années

Beaucoup d’entreprises du secteur découvrent le CIR après plusieurs années de travaux. Les trois dernières années restent récupérables par réclamation : dans l’exemple de cette page, l’enjeu approche 577 898 €.

Chaque 31 décembre, une année sort du délai : les dépenses de 2023 ne pourront plus être réclamées après le 31 décembre 2026. Les années antérieures au 15 février 2025 bénéficient en outre d’un forfait de fonctionnement de 43 %, plus favorable que les règles actuelles. Voir CIR rétroactif.

Le crédit d’impôt innovation dans le secteur

Dans ce secteur, l’essentiel des dépenses relève directement du CIR. Le crédit d’impôt innovation peut néanmoins compléter le dispositif pour une PME qui conçoit un produit ou un équipement nouveau à partir de technologies maîtrisées.

Voir le crédit d’impôt innovation et la frontière entre CIR et CII.

Les pièges du CIR pour les semenciers et obtenteurs

Les redressements observés dans le secteur se concentrent sur quelques erreurs récurrentes :

• Inclure les essais réglementaires d’inscription.
• Ne pas séparer sélection et multiplication de semences.
• Déclarer au CIR les frais de certificats d’obtention végétale, sortis de sa base en 2025.

Les preuves à réunir

Les preuves qui font la différence en cas de contrôle sont celles que les équipes produisent naturellement pendant les projets :

• Les registres de croisement et de sélection ;
• Les résultats d’essais multilocaux ;
• Les données de génotypage.

À ces pièces s’ajoutent, comme pour toute entreprise, les feuilles de temps par projet, les éléments de paie, le tableau des immobilisations affectées à la recherche, les contrats de sous-traitance avec la preuve de l’agrément des prestataires, et la liste des aides reçues. Le guide dossier justificatif donne le plan attendu.

Après le CIR : l’IP box sur vos revenus

Les redevances perçues sur les certificats d’obtention végétale licenciés à des multiplicateurs peuvent être imposées à 10 % grâce à l’IP box. Le CIR et l’IP box se cumulent : le premier porte sur les dépenses de recherche, le second sur les revenus de l’actif qui en est issu. Et l’IP box ne suppose pas d’avoir déclaré du CIR : une entreprise du secteur peut en bénéficier dès lors qu’elle exploite un actif éligible issu de ses propres travaux. Voir l’IP box pour les semenciers et obtenteurs et cumuler CIR et IP box.

Se faire accompagner

La démarche se mène avec un professionnel habitué au secteur et à ses verrous typiques. Il interroge les équipes, délimite les projets, chiffre le crédit de l’année et celui des années encore réclamables, puis rédige un dossier qui tient en contrôle.

1. Diagnostic : un échange avec vos équipes techniques pour repérer les projets éligibles des trois dernières années et de l’année en cours.
2. Chiffrage : calcul du CIR et du CII, année par année, avec les règles applicables à chacune.
3. Dossier : rédaction du dossier justificatif et reconstitution des temps.
4. Déclaration : dépôt des formulaires 2069-A-SD et, pour les années passées, des réclamations.

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Questions fréquentes

La sélection variétale est-elle éligible au CIR ?

Oui, la création de variétés nouvelles relève de la recherche. La multiplication et la production de semences n’en relèvent pas.

Les frais de COV sont-ils encore éligibles ?

Plus au CIR depuis le 15 février 2025. Les redevances perçues sur les COV peuvent en revanche relever de l’IP box.

Combien rapporte le CIR pour les semenciers et obtenteurs ?

Dans l’exemple de cette page, 192 633 € par an de CIR, pour 7 personnes consacrant 80 % de leur temps aux travaux. Le crédit représente environ 42 % du coût salarial chargé consacré à la recherche.

Peut-on récupérer le CIR des années passées ?

Oui. Les dépenses non déclarées des années 2023, 2024 et 2025 peuvent encore être réclamées ; celles de 2023 jusqu’au 31 décembre 2026. Sur l’exemple de cette page, l’enjeu est d’environ 577 898 €.

Faut-il des docteurs pour avoir droit au CIR ?

Non. Les ingénieurs et techniciens qui conduisent des travaux de recherche ouvrent droit au crédit, quel que soit leur diplôme.