Crédit d’impôt recherche pour les entreprises agroalimentaires : CIR, CII et rattrapage sur 3 ans

L’agroalimentaire innove pour réduire le sucre, le sel et les additifs, allonger la conservation sans conservateurs, valoriser les coproduits ou créer de nouvelles protéines. Ces travaux de formulation et de procédé comportent souvent de vraies incertitudes techniques, que beaucoup de PME du secteur ne valorisent pas.

Taux du CIR

30 %

CIR / an (exemple)

89 794 €

CII / an (exemple)

18 928 €

Rattrapage 3 ans

326 165 €

Le CIR pour les entreprises agroalimentaires : un levier sous-utilisé

Dans le secteur, une part importante des entreprises qui pourraient prétendre au CIR ne le déclarent pas, ou n’en déclarent qu’une partie. Les raisons sont toujours les mêmes : crainte du contrôle, méconnaissance des critères, manque de temps pour constituer le dossier. Elles se privent pourtant d’un crédit de 30 % sur leurs dépenses de recherche, remboursé immédiatement pour une PME.

Les équipes de recherche et développement comptent des ingénieurs agroalimentaires, des technologues et des techniciens de laboratoire et d’atelier pilote. C’est sur ces personnes, et sur la part de leur temps consacrée aux travaux incertains, que repose l’essentiel du crédit.

Les travaux éligibles au CIR pour les entreprises agroalimentaires

Parmi les travaux qu’un spécialiste examine en priorité dans le secteur, on trouve :

• Réduire la teneur en sucre, en sel ou en matières grasses sans dégrader texture et goût, lorsque les solutions connues échouent.
• Développer des procédés de conservation sans additifs.
• Mettre au point des protéines alternatives aux propriétés fonctionnelles nouvelles.
• Valoriser des coproduits par des procédés nouveaux.

Dans chaque cas, ce qui rend le projet éligible n’est pas sa difficulté ou son coût, mais le fait qu’au départ, un professionnel compétent du domaine ne savait pas comment atteindre le résultat avec les connaissances disponibles. Le dossier doit le démontrer par un état de l’art précis et daté. Le guide travaux éligibles au CIR détaille les cinq critères appliqués par l’administration.

Ce qui n’est pas de la recherche

À l’inverse, certaines activités du secteur, pourtant techniques, ne relèvent pas de la recherche au sens fiscal :

• Le développement de nouvelles recettes à partir de techniques connues, qui peut relever du CII.
• Les tests consommateurs et le marketing.
• L’industrialisation des lignes de production.

Un même projet comporte souvent une phase de recherche et des phases qui n’en relèvent pas. Bien les découper, en datant le début et la fin de chacune et en n’y rattachant que les temps correspondants, est la meilleure protection en cas de contrôle.

Combien rapporte le CIR pour les entreprises agroalimentaires ?

Pour fixer les ordres de grandeur, voici le calcul complet pour une entreprise représentative du secteur, avec les taux et forfaits de 2026.

Une PME agroalimentaire de 90 salariés affecte quatre ingénieurs, payés 45 000 € brut en moyenne, à 55 % de leur temps à un procédé de conservation sans additifs, et confie 50 000 € d’analyses à des laboratoires. Une ligne pilote est conçue au titre du CII.

L’entreprise obtient 89 794 € de crédit d’impôt recherche et 18 928 € de crédit d’impôt innovation, soit 108 722 € par an. Pour une PME, ce montant est remboursé immédiatement si l’entreprise n’a pas d’impôt à payer. L’effet de la taille de l’équipe est direct :

Faites le calcul avec votre propre équipe :

Récupérez le CIR des 3 dernières années

Beaucoup d’entreprises du secteur découvrent le CIR après plusieurs années de travaux. Les trois dernières années restent récupérables par réclamation : dans l’exemple de cette page, l’enjeu approche 326 165 €.

Chaque 31 décembre, une année sort du délai : les dépenses de 2023 ne pourront plus être réclamées après le 31 décembre 2026. Les années antérieures au 15 février 2025 bénéficient en outre d’un forfait de fonctionnement de 43 % et, pour le CII, d’un taux de 30 %, plus favorable que les règles actuelles. Voir CIR rétroactif.

Le crédit d’impôt innovation dans le secteur

Entre la recherche et la production, il y a la conception. C’est cette étape que finance le crédit d’impôt innovation, à 20 % des dépenses de prototypes des PME, avec un plafond de 400 000 € de dépenses par an et les mêmes règles de remboursement que le CIR.

Dans l’exemple de cette page, 94 640 € de dépenses de conception donnent 18 928 € de CII par an. Une même dépense ne peut pas figurer à la fois dans la base du CIR et dans celle du CII : les temps doivent être ventilés projet par projet. Voir le crédit d’impôt innovation et CIR ou CII.

Les pièges du CIR pour les entreprises agroalimentaires

Trois erreurs reviennent dans les dossiers du secteur, et suffisent à fragiliser tout le crédit :

• Déclarer le développement de recettes courantes.
• Inclure les tests consommateurs.
• Ne pas distinguer l’atelier pilote de la production.

Les preuves à réunir

Un dossier justificatif solide repose sur des traces produites pendant les travaux. Dans le secteur, les plus probantes sont :

• Les fiches d’essais et analyses sensorielles et physico-chimiques ;
• Les résultats de vieillissement accéléré ;
• Les comptes rendus du comité de développement.

À ces pièces s’ajoutent, comme pour toute entreprise, les feuilles de temps par projet, les éléments de paie, le tableau des immobilisations affectées à la recherche, les contrats de sous-traitance avec la preuve de l’agrément des prestataires, et la liste des aides reçues. Le guide dossier justificatif donne le plan attendu.

Après le CIR : l’IP box sur vos revenus

Les brevets de procédés licenciés à d’autres industriels peuvent relever de l’IP box. Le CIR et l’IP box se cumulent : le premier porte sur les dépenses de recherche, le second sur les revenus de l’actif qui en est issu. Une entreprise qui n’a jamais déclaré de CIR peut d’ailleurs être éligible à l’IP box : les deux régimes sont indépendants. Voir l’IP box pour les entreprises agroalimentaires et cumuler CIR et IP box.

Se faire accompagner

Un spécialiste du CIR qui connaît le secteur conduit ce travail avec vos équipes techniques : identification des projets éligibles, qualification CIR ou CII, reconstitution des temps, calcul et rédaction du dossier. Le premier échange suffit en général à savoir si l’enjeu justifie la démarche.

1. Diagnostic : un échange avec vos équipes techniques pour repérer les projets éligibles des trois dernières années et de l’année en cours.
2. Chiffrage : calcul du CIR et du CII, année par année, avec les règles applicables à chacune.
3. Dossier : rédaction du dossier justificatif et reconstitution des temps.
4. Déclaration : dépôt des formulaires 2069-A-SD et, pour les années passées, des réclamations.

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Questions fréquentes

Une nouvelle recette est-elle éligible au CIR ?

Rarement. Si sa mise au point a demandé de lever une difficulté technique non résolue, comme la stabilité sans additif, la phase correspondante peut l’être. Sinon, le CII peut s’appliquer à un produit plus performant.

Une ligne pilote est-elle éligible ?

Sa conception peut relever du CII en tant qu’installation pilote d’un produit nouveau.

Combien rapporte le CIR pour les entreprises agroalimentaires ?

Dans l’exemple de cette page, 89 794 € par an de CIR et 18 928 € de CII, pour 4 personnes consacrant 55 % de leur temps aux travaux. Le crédit représente environ 42 % du coût salarial chargé consacré à la recherche.

Peut-on récupérer le CIR des années passées ?

Oui. Les dépenses non déclarées des années 2023, 2024 et 2025 peuvent encore être réclamées ; celles de 2023 jusqu’au 31 décembre 2026. Sur l’exemple de cette page, l’enjeu est d’environ 326 165 €.

Faut-il des docteurs pour avoir droit au CIR ?

Non. Les ingénieurs et techniciens qui conduisent des travaux de recherche ouvrent droit au crédit, quel que soit leur diplôme.