Crédit d’impôt recherche pour les start-up deeptech : CIR, CII et rattrapage sur 3 ans

Les start-up deeptech sont nées de la recherche et vivent de la recherche pendant plusieurs années avant leurs premiers revenus. Pour elles, le CIR remboursé chaque année, cumulé avec le statut JEI et les aides de Bpifrance, est une ressource vitale, qu’il faut sécuriser pour ne pas fragiliser une levée de fonds.

Taux du CIR

30 %

CIR / an (exemple)

181 332 €

CII / an (exemple)

12 838 €

Rattrapage 3 ans

582 511 €

Le CIR pour les start-up deeptech : un levier sous-utilisé

Pour une entreprise du secteur, la question n’est pas de savoir si elle « fait de la recherche » au sens académique, mais si certains de ses projets ont dû affronter un problème technique sans solution connue. Dès que c’est le cas, la phase correspondante ouvre droit au crédit d’impôt recherche, quel que soit le diplôme des personnes qui l’ont menée.

Les équipes fondatrices comptent souvent des docteurs et des ingénieurs issus des laboratoires publics. Leurs salaires chargés, majorés du forfait de fonctionnement de 40 %, forment l’essentiel de la base du crédit.

Les travaux éligibles au CIR pour les start-up deeptech

Parmi les travaux qu’un spécialiste examine en priorité dans le secteur, on trouve :

• Transférer une technologie de laboratoire vers un démonstrateur industriel.
• Lever les verrous de mise à l’échelle de procédés nouveaux.
• Concevoir des matériaux, molécules ou dispositifs de rupture.
• Développer des logiciels scientifiques au cœur de la technologie.

Ces exemples ont un point commun : un verrou technique, c’est-à-dire une difficulté que l’état de l’art ne permettait pas de résoudre au début des travaux. C’est ce verrou, documenté et daté, qui fonde le crédit, et c’est lui que l’expert du ministère de la Recherche examine en premier. Le guide travaux éligibles au CIR détaille les cinq critères appliqués par l’administration.

Ce qui n’est pas de la recherche

Le périmètre du crédit exclut en revanche plusieurs activités qui occupent une part importante du temps des équipes du secteur :

• Le développement commercial et la levée de fonds.
• La production des premières séries vendues.
• Les démarches réglementaires.

Un même projet comporte souvent une phase de recherche et des phases qui n’en relèvent pas. Bien les découper, en datant le début et la fin de chacune et en n’y rattachant que les temps correspondants, est la meilleure protection en cas de contrôle.

Combien rapporte le CIR pour les start-up deeptech ?

Le tableau ci-dessous applique les règles en vigueur en 2026 à une entreprise type du secteur. Les montants sont fictifs mais réalistes, et calculés avec le même moteur que le simulateur du site.

Une start-up deeptech de 15 salariés affecte six chercheurs et ingénieurs, payés 50 000 € brut en moyenne, à 85 % de leur temps à son démonstrateur, amortit 50 000 € d’équipements, finance 110 000 € de travaux externes et a reçu 100 000 € d’aides. Un ingénieur conçoit le prototype commercial au titre du CII.

L’entreprise obtient 181 332 € de crédit d’impôt recherche et 12 838 € de crédit d’impôt innovation, soit 194 170 € par an. Pour une PME, ce montant est remboursé immédiatement si l’entreprise n’a pas d’impôt à payer. L’effet de la taille de l’équipe est direct :

Faites le calcul avec votre propre équipe :

Récupérez le CIR des 3 dernières années

Si votre entreprise a mené ce type de travaux sans déclarer de CIR, rien n’est perdu : les dépenses des années 2023, 2024 et 2025 peuvent encore être réclamées. Pour l’entreprise de l’exemple, cela représente environ 582 511 €, remboursés pour une PME.

Chaque 31 décembre, une année sort du délai : les dépenses de 2023 ne pourront plus être réclamées après le 31 décembre 2026. Les années antérieures au 15 février 2025 bénéficient en outre d’un forfait de fonctionnement de 43 % et, pour le CII, d’un taux de 30 %, plus favorable que les règles actuelles. Voir CIR rétroactif.

Le crédit d’impôt innovation dans le secteur

Pour les PME du secteur, une large part des projets qui ne relèvent pas du CIR peut relever du crédit d’impôt innovation : la conception d’un produit nouveau, plus performant que les offres existantes, ouvre droit à un crédit de 20 % des dépenses, dans la limite de 400 000 € par an.

Dans l’exemple de cette page, 64 192 € de dépenses de conception donnent 12 838 € de CII par an. Une même dépense ne peut pas figurer à la fois dans la base du CIR et dans celle du CII : les temps doivent être ventilés projet par projet. Voir le crédit d’impôt innovation et CIR ou CII.

Les pièges du CIR pour les start-up deeptech

Avant de déclarer, vérifiez que votre dossier évite ces écueils fréquents dans le secteur :

• Oublier de déduire les aides de Bpifrance, désormais expressément visées.
• Compter le temps des fondateurs consacré à la levée de fonds.
• Ne pas déclarer les premières années d’existence.

Les preuves à réunir

Un dossier justificatif solide repose sur des traces produites pendant les travaux. Dans le secteur, les plus probantes sont :

• Les cahiers de laboratoire et rapports d’essais ;
• Les conventions de transfert avec les laboratoires ;
• Les publications et brevets.

À ces pièces s’ajoutent, comme pour toute entreprise, les feuilles de temps par projet, les éléments de paie, le tableau des immobilisations affectées à la recherche, les contrats de sous-traitance avec la preuve de l’agrément des prestataires, et la liste des aides reçues. Le guide dossier justificatif donne le plan attendu.

Après le CIR : l’IP box sur vos revenus

Lorsque la technologie sera licenciée à des industriels, ses revenus pourront relever de l’IP box, avec un ratio nexus souvent proche de 100 %. Le CIR et l’IP box se cumulent : le premier porte sur les dépenses de recherche, le second sur les revenus de l’actif qui en est issu. Les deux dispositifs sont indépendants : l’un ne conditionne pas l’autre, et ils peuvent être rattrapés ensemble sur trois ans. Voir l’IP box pour les start-up deeptech et cumuler CIR et IP box.

Se faire accompagner

L’accompagnement d’un spécialiste sécurise surtout la qualification des travaux, qui est l’étape décisive. Il permet aussi de mener ensemble le CIR, le CII et, lorsque l’entreprise exploite un brevet ou un logiciel, l’IP box.

1. Diagnostic : un échange avec vos équipes techniques pour repérer les projets éligibles des trois dernières années et de l’année en cours.
2. Chiffrage : calcul du CIR et du CII, année par année, avec les règles applicables à chacune.
3. Dossier : rédaction du dossier justificatif et reconstitution des temps.
4. Déclaration : dépôt des formulaires 2069-A-SD et, pour les années passées, des réclamations.

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Questions fréquentes

Une start-up deeptech peut-elle cumuler JEI, CIR et aides Bpifrance ?

Oui. Les aides sont déduites de la base du CIR, et les cotisations exonérées au titre de la JEI ne sont pas comptées, mais le cumul reste très favorable.

Peut-on rattraper le CIR des premières années ?

Oui, les dépenses des trois dernières années non déclarées peuvent encore être réclamées.

Combien rapporte le CIR pour les start-up deeptech ?

Dans l’exemple de cette page, 181 332 € par an de CIR et 12 838 € de CII, pour 6 personnes consacrant 85 % de leur temps aux travaux. Le crédit représente environ 42 % du coût salarial chargé consacré à la recherche.

Peut-on récupérer le CIR des années passées ?

Oui. Les dépenses non déclarées des années 2023, 2024 et 2025 peuvent encore être réclamées ; celles de 2023 jusqu’au 31 décembre 2026. Sur l’exemple de cette page, l’enjeu est d’environ 582 511 €.

Faut-il des docteurs pour avoir droit au CIR ?

Non. Les ingénieurs et techniciens qui conduisent des travaux de recherche ouvrent droit au crédit, quel que soit leur diplôme.