Crédit d’impôt recherche pour les sociétés de recherche sous contrat : CIR, CII et rattrapage sur 3 ans

Les sociétés de recherche sous contrat réalisent des travaux pour le compte de clients industriels. Leur situation au regard du CIR est particulière : lorsqu’elles sont agréées, ce sont leurs clients qui intègrent les travaux dans leur propre crédit, mais elles peuvent déclarer leurs travaux de recherche internes.

Taux du CIR

30 %

CIR / an (exemple)

75 870 €

Rattrapage 3 ans

227 611 €

Le CIR pour les sociétés de recherche sous contrat : un levier sous-utilisé

Le crédit d’impôt recherche reste sous-utilisé pour les sociétés de recherche sous contrat. Beaucoup d’entreprises du secteur pensent que leurs travaux sont trop appliqués, trop proches du produit ou trop modestes pour être de la « recherche ». C’est rarement exact : le critère n’est pas la taille du projet ni le prestige du laboratoire, mais l’existence d’une incertitude technique que les connaissances disponibles ne permettaient pas de lever.

Ces sociétés emploient chercheurs, ingénieurs et techniciens, avec des équipements de laboratoire importants. Chaque euro de salaire consacré à des travaux éligibles rapporte environ 42 centimes de crédit, forfait de fonctionnement compris.

Les travaux éligibles au CIR pour les sociétés de recherche sous contrat

Parmi les travaux qu’un spécialiste examine en priorité dans le secteur, on trouve :

• Développer en propre des méthodes, plateformes ou outils de recherche.
• Mener des programmes de recherche internes, hors commande client.
• Conduire des travaux financés par l’entreprise sur ses fonds propres.

Ces exemples ont un point commun : un verrou technique, c’est-à-dire une difficulté que l’état de l’art ne permettait pas de résoudre au début des travaux. C’est ce verrou, documenté et daté, qui fonde le crédit, et c’est lui que l’expert du ministère de la Recherche examine en premier. Le guide travaux éligibles au CIR détaille les cinq critères appliqués par l’administration.

Ce qui n’est pas de la recherche

À l’inverse, certaines activités du secteur, pourtant techniques, ne relèvent pas de la recherche au sens fiscal :

• Les travaux réalisés pour des clients, qui relèvent du CIR du donneur d’ordre lorsque la société est agréée.
• Les prestations d’essais de routine.
• Les études de conseil.

Un même projet comporte souvent une phase de recherche et des phases qui n’en relèvent pas. Bien les découper, en datant le début et la fin de chacune et en n’y rattachant que les temps correspondants, est la meilleure protection en cas de contrôle.

Combien rapporte le CIR pour les sociétés de recherche sous contrat ?

Pour fixer les ordres de grandeur, voici le calcul complet pour une entreprise représentative du secteur, avec les taux et forfaits de 2026.

Une société de recherche de 60 salariés consacre quatre chercheurs, payés 52 000 € brut en moyenne, à 40 % de leur temps à des programmes internes, et amortit 50 000 € d’équipements affectés à ces programmes.

L’entreprise obtient 75 870 € de crédit d’impôt recherche par an. Pour une PME, ce montant est remboursé immédiatement si l’entreprise n’a pas d’impôt à payer. L’effet de la taille de l’équipe est direct :

Faites le calcul avec votre propre équipe :

Récupérez le CIR des 3 dernières années

Beaucoup d’entreprises du secteur découvrent le CIR après plusieurs années de travaux. Les trois dernières années restent récupérables par réclamation : dans l’exemple de cette page, l’enjeu approche 227 611 €.

Chaque 31 décembre, une année sort du délai : les dépenses de 2023 ne pourront plus être réclamées après le 31 décembre 2026. Les années antérieures au 15 février 2025 bénéficient en outre d’un forfait de fonctionnement de 43 %, plus favorable que les règles actuelles. Voir CIR rétroactif.

Le crédit d’impôt innovation dans le secteur

Entre la recherche et la production, il y a la conception. C’est cette étape que finance le crédit d’impôt innovation, à 20 % des dépenses de prototypes des PME, avec un plafond de 400 000 € de dépenses par an et les mêmes règles de remboursement que le CIR.

Voir le crédit d’impôt innovation et la frontière entre CIR et CII.

Les pièges du CIR pour les sociétés de recherche sous contrat

Trois erreurs reviennent dans les dossiers du secteur, et suffisent à fragiliser tout le crédit :

• Déclarer des travaux facturés à des clients qui les intègrent déjà dans leur CIR.
• Ne pas tenir l’agrément à jour, ce qui prive les clients du crédit.
• Mélanger équipements utilisés pour les clients et pour les programmes internes.

Les preuves à réunir

Un dossier justificatif solide repose sur des traces produites pendant les travaux. Dans le secteur, les plus probantes sont :

• La séparation comptable des programmes internes ;
• Les décisions d’agrément ;
• Les rapports internes de recherche.

À ces pièces s’ajoutent, comme pour toute entreprise, les feuilles de temps par projet, les éléments de paie, le tableau des immobilisations affectées à la recherche, les contrats de sous-traitance avec la preuve de l’agrément des prestataires, et la liste des aides reçues. Le guide dossier justificatif donne le plan attendu.

Après le CIR : l’IP box sur vos revenus

Les brevets issus des programmes internes, licenciés, peuvent relever de l’IP box. Le CIR et l’IP box se cumulent : le premier porte sur les dépenses de recherche, le second sur les revenus de l’actif qui en est issu. Et l’IP box ne suppose pas d’avoir déclaré du CIR : une entreprise du secteur peut en bénéficier dès lors qu’elle exploite un actif éligible issu de ses propres travaux. Voir l’IP box pour les sociétés de recherche sous contrat et cumuler CIR et IP box.

Se faire accompagner

La démarche se mène avec un professionnel habitué au secteur et à ses verrous typiques. Il interroge les équipes, délimite les projets, chiffre le crédit de l’année et celui des années encore réclamables, puis rédige un dossier qui tient en contrôle.

1. Diagnostic : un échange avec vos équipes techniques pour repérer les projets éligibles des trois dernières années et de l’année en cours.
2. Chiffrage : calcul du CIR et du CII, année par année, avec les règles applicables à chacune.
3. Dossier : rédaction du dossier justificatif et reconstitution des temps.
4. Déclaration : dépôt des formulaires 2069-A-SD et, pour les années passées, des réclamations.

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Questions fréquentes

Une société agréée peut-elle déclarer le CIR sur les travaux pour ses clients ?

Non. Ces travaux sont retenus dans le crédit du client donneur d’ordre. La société peut déclarer ses propres programmes internes.

Comment obtenir l’agrément CIR ?

Par une demande auprès du ministère chargé de la Recherche, qui apprécie la capacité de l’organisme à mener des travaux de recherche. L’agrément est délivré pour une durée limitée.

Combien rapporte le CIR pour les sociétés de recherche sous contrat ?

Dans l’exemple de cette page, 75 870 € par an de CIR, pour 4 personnes consacrant 40 % de leur temps aux travaux. Le crédit représente environ 42 % du coût salarial chargé consacré à la recherche.

Peut-on récupérer le CIR des années passées ?

Oui. Les dépenses non déclarées des années 2023, 2024 et 2025 peuvent encore être réclamées ; celles de 2023 jusqu’au 31 décembre 2026. Sur l’exemple de cette page, l’enjeu est d’environ 227 611 €.

Faut-il des docteurs pour avoir droit au CIR ?

Non. Les ingénieurs et techniciens qui conduisent des travaux de recherche ouvrent droit au crédit, quel que soit leur diplôme.